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中德马普“植物分子生理学和信号传导”伙伴小组是由中国科学院与德国马普学会共同支持的中德双边科学合作项目，旨在充分结合双方的人才优势和科研条件，在共同感兴趣的植物信号传导分子机理领域开展合作研究。至2005年8月，伙伴小组已经走过了五个春秋，在科研、人才培育及国际合作等方面取得了丰硕成果。 Website: http://www.plantsignal.cn
上海生命科学研究院-美国加州大学(伯克利)分子生命科学研究中心于2004年7月正式挂牌成立。中心位于上海生命科学研究院植物生理生态研究所所在的枫林园区。这一中心联合了上海植物生理生态研究所和美国加州大学(伯克利)植物和微生物系的几个实验室。中科院上海植物生理生态研究所是国内一流植物生理生态研究机构。美国加州大学伯克利分校是一所世界著名的高等学府，有8位诺贝尔奖获得者，122位美国科学院院士。该校的植物和微生物系的研究领域广泛，主要包括生态和进化，基因组研究，计算机生物学，微生物遗传和发育，植物遗传和发育，微生物和寄主的相互关系以及生理生化和生物物理等几个方面。SIBS-UC
Berkeley联合生命科学中心的目标是为中国科学家和世界一流科学家的交流合作提供平台，进一步促进中国在生命科学领域的研究。
上海交通大学－中国科学院上海植物生理生态研究所－美国宾州大学 "上海交通大学－中国科学院上海植物生理生态研究所－美国宾州大学植物科学联合研究中心"于2004年8月12日正式成立。植物科学联合研究中心聘请了国内外知名专家教授组成中心学术委员会指导研究工作，并分别在上海交大、上海植生所、宾州大学设立分中心。宾州大学终身教授马红、上海植生所研究员陈晓亚、上海交通大学农生院院长唐克轩教授和生命科学技术学院执行院长林志新教授任中心负责人。联合中心以加强国内外研究交流，实现研究信息共享，提升国内植物科学研究实力，培训国内研究生和教师为宗旨，将互派教师和研究生到其它中心开展研究工作，每年举办一次国际性学术交流会，每年暑假举办一次植物生命科学研究培训班。 植生生态研究所与瑞士联邦理工大学（苏黎世）共同建立了中国科学院上海生命科学研究院－瑞士联邦理工大学（苏黎世）上海木薯生物技术中心（SCCB），于2007年4月正式成立。 植生生态研究所与荷兰科因(Keygene)公司共同建立了中国科学院上海生命科学研究院-荷兰科因(Keygene)公司“植物分子育种联合实验室”，于2007年7月正式揭牌成立。
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